Laboratoř mikrobiální ekologie a evoluce
Sleduj nás na twitteru @SmallThingsLab
https://twitter.com/SmallThingsLab
Vedoucí skupiny
Členové laboratoře
Bývalí členové laboratoře
Dr. Maliheh Mehrshad, Department of Ecology and Genetics, Limnology, Uppsala University, Sweden
PELAGICS – Eko-genomika mikroorganismů v evropských jezerech
Řešitel: Rohit Ghai, co-PI: Michaela Salcher
Zdroj financování: Grantová Agentura ČR; č. projektu: 20-12496X; doba řešení: 2020–2024
Sladkovodní biotopy mají rozhodující vliv na celý pozemský život, převážná většina jejich mikrobiálních obyvatel (prokaryot a eukaryot) však zůstává stále záhadná, za hranicemi kultivačních možností. Nicméně vývoj kultivačních přístupů spolu s pokroky v sekvenování přináší nové prostředky pro odhalení mikrobiální rozmanitosti. Navrhujeme vytvořit vědecké konsorcium PELAGICS (24 vědců, 16 evropských zemí), které bude koordinovat úsilí ve studiu sladkovodních mikroorganismů (prokaryot i eukaryot) kultivačním a metagenomickým přístupem (analýza genomové DNA celé populace) v rámci celoevropské jezerní kampaně (70 jezer). Hloubkové sekvenování (cca 18 TB) mikrobiální populace povede k zisku tisíců metagenomickysestavených genomů prokaryot, eukaryot a virů. Za pomoci nových růstových médií napodobujících přirozené podmínky a poloautomatizované vysoce výkonné izolační techniky budeme usilovat o získání sbírky kmenů 500 prokaryot a 50 prvoků vč. jejich genomů. Kombinace obou přístupů přispěje k odhalení jejich přirozených interakcí a ekologických rolí ve sladkovodních potravních sítích.
Cílem projektu je vytvoření celoevropské sítě mikrobiálních ekologů pro odběry a studium 70 jezer k získání stabilních sbírek mikroorganismů a jejich genomů (cca 500 prokaryot a 50 prvoků) a k získání řádově tisíců genomů sladkovodních bakterií, prvoků i virů pomocí hloubkového metagenomického sekvenování.
Minulé projekty
Objasnění životních strategií sladkovodních virů pomoci metagenomiky
Řešitel: Rohit Ghai
Zdroj financování: Grantová Agentura ČR; Číslo projektu: 17-04828S; Doba řešení: 2017 - 2019
Evolutionary strategies of freshwater phages and their impact on carbon cycling
Řešitel: Adrian-Stefan Andrei
Zdroj financování: Programme for research and mobility support of young researchers (CAS); Project No.: MSM200961801; Duration: 2018 - 2020
Hosté laboratoře
Stefan Neuenschwander (PhD Student), Limnological Station, University of Zurich, Zurich, Switzerland (2016)
Dr. Michaela Salcher (Visiting Scientist), Limnological Station, University of Zurich, Zurich, Switzerland (2016)
Pedro Cabello-Yeves (PhD Student), Evolutionary Genomics Group, Universidad Miguel Hernandez, Alicante, Spain (2017)
Charlotte Dafni Vavourakis (PhD Student), Dept. of Freshwater and Marine Ecology, University of Amsterdam, Netherlands (2018)
Paul-Adrian Bulzu (PhD Student), Dept. of Molecular Biology and Biotechnology, Babes-Bolyai University, Cluj-Napoca, Romania (2018, 2019)
Dr. Rafael de la Haba (Visiting Scientist), Departamento Microbiologia Y Parasitologia, Facultad Farmacia, Sevilla, Spain (2018)
Ana-Duran Viseras (PhD Student), Departamento Microbiologia Y Parasitologia, Facultad Farmacia, Sevilla, Spain (2018,2019)
Izabela Mujakic (PhD Student), Laboratory of Anoxygenic Phototrophs, Centrum Algatech, Trebon, Czech Republic (2019)
Dr. Soo-je Park (Visiting Scientist), Microbial Ecology and Genomics Lab, Jeju University, South Korea (2019)
Dr. Felipe H. Coutinho (Post-doc), Evolutionary Genomics Group, Universidad Miguel Hernandez, Alicante, Spain (2019)
Shohjahon Begmatov (PhD Student), Russian State Agrarian University - Moscow Timiryazev Agricultural Academy
Pozvaní přednášející
Prof. Francisco Rodriguez-Valera, Evolutionary Genomics Group, Universidad Miguel Hernandez, Alicante, Spain
Prof. Gerard Muyzer, Department of Aquatic Microbiology, Institute for Biodiversity and Ecosystems Dynamics, University of Amsterdam
Prof. Gerald Koudelka, Department of Biological Sciences, State University of New York at Buffalo, Buffalo, NY, USA
